Сюжет турецкого сериала «46 исчезнувших» разворачивается вокруг выдающегося ученого из Турции, которого зовут Мурат Гюнай. В мире генетики его считают настоящим гением, и он пользуется огромным уважением среди коллег. Все ждут от Мурата великих открытий, к которым он и сам всегда стремится. Мурат действительно наслаждается своей работой, а его близкие постоянно оказывают ему поддержку. Среди его родных — отец и младшая сестра, с которыми у него очень теплые отношения. Однако в жизни Мурата происходит страшная трагедия: он теряет отца, что становится для Мурата серьезным ударом. Сестра также тяжело переживает потерю, и это сказывается на ее здоровье. В результате она впадает в глубокую кому, и врачи не дают утешительных прогнозов. Мурат понимает, что не может позволить себе потерять и сестру, и начинает искать пути спасения. Он использует свои знания и навыки, чтобы найти способ вернуть ее к полноценной жизни. Мурата ждет долгий и трудный путь длиной в пять лет. Однако его усилия приносят плоды: он оказывается близок к достижению цели. Но внезапно возникает ситуация, которая угрожает его работе и, соответственно, жизни любимой сестры. Мурат осознает, что не может рисковать плодами своих многолетних стараний, но перед ним встает сложный выбор между судьбой сестры и жизнями других людей.